Scan Tailor | Get Scan Tailor at SourceForge.net
を使ってみました。かなりいけていますね。
同様のプログラムにSnapter – "Goodbye, scanner. Hello, digital camera."があり、私の場合にうまくいきませんでしたが、上記のものは使えています。
ただし、日本語縦書き本ではページが右から左に進むのですが、
それがうまくいかないようなので、
jpegでは逆さに向け、それでScanTailorを逆さのまま適用して
ページごとのtiffファイルにしてから、後ほど逆さにすることに。
で、TIFFファイルが出力されるので、それを
Vector：画像梱包 (Windows95/98/Me / 文書作成) – ソフトの詳細
でもってPDFにするつもりです。
（後記：設定の途中でページを右からにする設定がありました、ヘブライ語などと書いていたので分からなかっただけでした。これで素直に処理可能です。）